本院設有四個研究所、教育推廣處、國際合作處及二個支援部門（數位發展處與行政管理處），另附設「農業水環境服務團」、「驗證中心」及「法制服務團」。本院以研究國內外水資源與農業領域整合議題，從事學術研究、技術服務、教育推廣及知識傳播為目的，主要辦理下列業務：

• 水資源與農業相關之活動，如教育與訓練、學術演講、學術研 討會、國際學術交流及各種媒體等活動之辦理。
• 全國國小、國中及高中之水資源與農業環境教育宣導與專業訓練。
• 承辦水資源與農業相關研究發展計畫，培育專業研究人才。
• 與國內外相關大學院校合作，研析水資源與農業跨領域課題，提供政府相關因應策略諮詢服務。
• 辦理水資源與農業相關領域之專業輔導、技術研發、技術移轉、產品測試、檢驗及認驗證服務、土木水利工程技術服務、生物資源調查、環境管理、水土保持及農村再生等。
• 發行、出版研究成果。
• 其他符合本院設立目的之相關公益性教育事務。